アトピーの原因はまだわかっていない部分も多くあるのですが、一般的には以下の原因が考えられています。

 

1.遺伝的要因

遺伝子の解析から、レセプター（刺激を情報に変換する受容器）やサイトカイン（細胞間情報伝達分子）の遺伝子がアレルギーと関連しているものがアトピー性皮膚炎となります。

 

2.栄養要因

高リノール酸食用油やそれを利用する食品が、アレルギー反応と深く関わっているという研究結果もあります。
アトピー性皮膚炎患者に対してω-6脂肪酸（主としてリノール酸）の含有量の低い食事を与えたところアトピーに改善効果が認められたという実験結果も報告されています。

 

3.環境要因

衣服などの物理的刺激、揮発性有機化学物質などの化学的刺激、アレルゲンの侵入、ストレス等の環境要因がアトピーを引き起こす原因とも考えられています。

 

4.腸内・表皮・肺・口腔内等による細菌叢

細菌叢（さいきんそう）とは、ある特定の環境で生育する最近の集合体のことで、アトピーになりやすい細菌がいることを示した研究もなされています。

 

5.その他

血中IgE値増加によるアレルギーや、肌のバリア機能が低下することも原因の一つに挙げられています。
また、皮膚の保湿に関わるセラミドの減少も原因と考えられています。